Ближайшее будущее. Время, когда роботы заняли прочное место в жизни людей. Грей – молодой мужчина и один из немногих, кто по-прежнему любит работать руками без помощи всяких технологических штуковин. Целыми днями Грей проводит в гараже, где чинит автомобили клиентов. Однажды во время возвращения с важной встречи вместе с супругой они попадают в аварию. После выясняется, что это дело рук группы бандитов, которым нужен был какой-то прибор. В итоге бандиты убивают супругу, а Грей оказывается парализованным. Через некоторое время к нему в больницу приходит один из его клиентов и предлагает Грею поучаствовать в необычном эксперименте. У него есть шанс снова встать на ноги, но для этого придётся согласиться на операцию по вживлению специального имплантата.

Чтобы выполнить свою миссию Избранного, Нео необходимо встретиться с Архитектором, с тем, кто создал Матрицу, но найти путь к Архитектору очень непросто. Тем временем агент Смит нашел возможность самопроизвольного копирования, и теперь Смит готов сразиться с Нео не в одиночку – Нео придется сражаться с целой армией агентов Смитов. Машины все продолжают искать способы попасть в город людей – Зеон, охотники рыщут повсюду. Нео остается последней надеждой человечества, если он не справится, мир людей перестанет существовать.

Мелкий служащий одной американской компании Томас Андерсон узнает, что наш мир, все, что есть вокруг, всего лишь порождение компьютерной программы – Матрица. На самом же деле на Земле уже давно правят машины, которые выращивают людей на специальных плантациях и используют в качестве источников энергии. Но если и люди, которые противостоят Машинам, они живут в единственном городе людей, до которого Машины еще не смогли добраться, и периодически входят в Матрицу. Томас Андерсон получает новое имя – Нео, узнает, что он избранный и именно ему предстоит разрушить Матрицу, чтобы освободить людей от власти Машин.

Мир Матрицы - это иллюзия, существующая только в бесконечном сне обреченного человечества. Холодный мир будущего, в котором люди всего лишь батарейки в компьютерных системах. Борцы за свободу Нео, Тринити и Морфеус руководят восстанием людей против Армии Машин. Для уничтожения системы репрессий и эксплуатации они вынуждены прибегнуть не только к арсеналу превосходного оружия, но и к своим выдающимся навыкам. Участие в миссии по спасению человеческой расы от ее полного истребления приносит им более глубокое понимание конструкции Матрицы и осознание центральной роли Нео в судьбе человечества.