Страна Восходящего солнца. Мастер боевых искусств, Торакаге, ведёт вполне размеренное, спокойное существование. Вот уже много лет герой пытается уйти от прежней жизни, где преобладало насилие. Деньги парень добывает земледелием. Налаженный быт и покой нарушает трагедия. Его ребёнок становится разменной монетой в руках жестоких преступников, которые невольно пробуждают в нем тёмные стороны души...

Рантаро родился в низшем сословии ниндзя. Однако его родители надеются, что когда-нибудь, он сможет стать элитным ниндзя, чтобы семья могла гордиться им. Оправдывая ожидания своих родителей, он поступает в Академию Ниндзя. Там он подружился с Шинбе, ребенком из богатой семьи торговцев и Киримару, который потерял отца во время войны.

Группа ниндзя воинов во главе с ига-ниндзя по имени Ямато становятся свидетелями того, как гигантский огненный шары падают с неба и врезаются в землю где-то в лесу. Отряд отправляется на поиски таинственных упавших звезд. Когда воины находят и пытаются осмотреть упавшие объекты, они обнаруживают чужих, которые набрасываются на них. Большинство ниндзя погибают в неравном бою. Ямато и оставшиеся в живых воины клянутся в вечной мести. Однако они понимают, что их оружие абсолютно бесполезно против неведомого врага.

Фильм рассказывает о том, как молодой ниндзя прибывает в современный город Эдо (Токио) и поступает на службу к маленькому мальчику. Для ниндзя справится с этой службой означает пройти последнее испытание и стать настоящим воином. Но злой ниндзя из другого клана хочет помешать этой дружбе

Трое подростков увлечены восточными единоборствами. Они всегда мечтали стать почти что героями и спасти кого-нибудь. Мальчики все свободное время уделяют тренировкам. Однажды, они узнают, что дедушка оказался в беде и необходимо ему срочно помочь. Парни отправляются в далекую Японию, чтобы именно в этой стране показать все свои умения и проявить храбрость. Мальчишки ждали этого момента с самого детства, и теперь им представилась такая возможность. Япония откроет им то, чего ребята сами не знали о себе. Дедушка в опасности, никто из них не раздумывает долго перед тем, как оказать необходимую помощь.

В конце шестнадцатого века Япония стояла на пороге гражданской войны. К лорду Маценаге обращается колдун и некроман по имени Кашин-хоши. Он предлагает лорду безграничную власть над всей Японией. Взамен он просит от лорда сделать для него эликсир бессмертия, для этого Маценаге необходимо достать кровь Укиодаю, дочери другого лорда по имени Миеси. Чтобы облегчить Кашин-хоши задачу, некроман отдает в распоряжение лорда пятерых ниндзя-демонов. С этими ниндзя не может сравниться никто, ведь каждый из них обладает способностями, недоступными обычному смертному.

Молодой ниндзя по прозвищу Черная Тень прилагает свои знания, умения и талант воина исключительно во имя мести за смерть отца. Дорога возмездия приводит его в Китай, где молодой ниндзя находит человека, бывшего с его отцом в последние минуты жизни. Китайский паренек очень привязанный к тихому и «безобидному» Дяде Ли, которого Черная Тень считает убийцей своего отца, становится неожиданным препятствием. Сможет ли мастер ниндзюцу преодолеть возникшую передним проблему?

Сегун Суранун получает от будущего кампако (канцлера) Тоётоми Хидэёси уничтожить крепость клана ниндзя Сандаю Момоти. Целью является завладение принадлежащим клану золотым рудником. Найти рудник без карты не возможно. Что бы ее увидеть, надо сложить хвостовики двух кинжалов. Местонахождение одного кинжала известно, он у Сандаю Момоти. Но у кого второй кинжал? Истреблению подвергся практически весь клан Момоти. Кровавой расправы удается избежать нескольким детям и сыну главы клана – Такамару Момоти.

Команду ниндзя посылают, чтобы похитить Леди Оичи, жену Сибата Котсуэ, не навредив ей. Они должны пробраться в легендарный Железный Замок в Китаносё и выкрасть её. Но внутри группы возникают разногласия, поскольку они рискуют своими жизнями, чтобы выполнить миссию.

Фильм снова повествует о событиях 1616 года(5 часть), однако сценарий развивается по-иному. Киригакурэ Сайзо присоединился к последним из некогда могущественного клана ниндзя Ига. Вместе они разрабатывают план, целью которого является убийство Токугава Иэясу. Правитель стар, но очень хитёр и коварен - он нанимает клан ниндзя Фума, заклятых врагов клана Ига, чтобы защитить себя. Иэясу 75 лет и он вот-вот умрёт от старости. Если это произойдёт, ниндзя Ига навсегда потеряют свою честь. Время поджимает, а все попытки убийства заканчиваются провалом. Вдобавок ко всему, и в без того малочисленных рядах, завёлся предатель

1637 - 1651. Киригакурэ Сайзо погиб, пытаясь убить Матсудайра Изонуками, генерала Токугава. Однако перед смертью он оставил клинок, наследие предков клана, своему сыну, Сайске и наказал ему беречь маленькую дочь Юкимуры Санада. По воле жестокой судьбы принцесса Юри оказалась в руках Изонуками, а Сайске, как и его отец, стал ниндзя, проведя 14 лет во Тьме, оттачивая своё смертоносное искусство. И вот, карма вновь соединила дороги старых знакомых

Главного героя Вадакуро, одного из четырех свободных самураев, нанимают чтобы бороться против заговора Сегуна уничтожить клан Гамо, который уже долгое время борется за то, чтобы восстановить в прежнем положении своего молодого наследника Танемару. Оказываясь перед угрозой ниндзя из клана Кога, Вадакуро, на фоне личной вендетты, проявляет необычайную смелость, жестокость, чтобы противостоять ниндзя и защитить Танемару.

Фильм охватывает реальный исторический период Японии с 1595 до 1600 года. Неуловимый ниндзя Исикава Гоэмон пойман и должен быть казнен. И, кажется, на этот раз ему не удастся ускользнуть. Сможет ли он отомстить своему заклятому врагу или его тайному искусству суждено исчезнуть вместе с ним? Мир средневековой Японии полон политических интриг и заговоров, запутанных выдающимися личностями того времени: Иэясу Токугавой, Хидэёси Тоётоми, Митсунари Ишидой, Хаттори Ханзо и другими.

Правитель находится при смерти, по закону власть теперь должна перейти к его старшему сыну, но младший сын собирается совершить переворот и узурпировать власть. О его планах становится известно нескольким влиятельным людям, которые не хотят, чтобы в стране началась борьба за власть и междоусобица. Они нанимают семнадцать ниндзя, которым предстоит пробраться в замок младшего сына Сёгуна и выкрасть тайное соглашение, которые хозяин замка заключил с другими участниками мятежа. Ниндзя предстоит решить сложную задачу, ведь Сайго Магокоро, который охраняет свиток, сражается как Бог.

Сложное искусство ниндзюцу включает в себя массу знаний. Постигшие это боевое искусство – становятся легендарными воинами ниндзя. Подготовка начинается с детства. Истинный мастер должен добывать и доставлять информацию, безупречно владеть всеми видами оружия и любым предметом как оружием. Обороняться, в том числе и голыми руками. Вершиной мастерства всегда считалось умение внезапно появляться и также внезапно исчезать. Видеть в темноте как кошка, лазить по скалам, ориентироваться в любой местности…