Действия фильма разворачиваются с того момента, на котором закончилась предыдущая часть. После того как Вескер предал Элис в Вашингтоне, конец истории человечества стал еще ближе. Элис — последняя надежда на спасение мира. Она должна вернуться к точке отсчета, туда, где все и началось — город Раккун-Сити, где корпорация «Амбрелла» готовится к финальной атаке по тем, кому удалось выжить.

В 2027 году над Землей нависла страшная угроза, нет, не вторжение инопланетян и не глобальные катаклизмы. Просто, по непонятной причине, на Земле перестали рождаться дети. Мир стремительно начал скатываться в анархию, крупные города оказались поделены между бандитскими группировками. Участник гонок на выживание, узнает, что одна из последних беременных женщин находится в опасности, тогда он решает, что его долгом является доставить ее в безопасное место, где она бы смогла спокойно родить, ведь, возможно, это будет последний ребенок, рожденный на Земле.

Год 2346-й. В кошмарном мире будущего люди соседствуют с киборгами, ставшими могущественным оружием тоталитарного государства. Здесь заправляет жестокий безумец, диктующий всем свою волю и нещадно карающий непокорных. Ничто не может пошатнуть власть злодея, но вскоре его владения станут ареной беспощадной битвы двух несокрушимых репликантов, чья вечная вражда вплотную приблизит человечество к чудовищному апокалипсису.

Недалёкое будущее, Япония. Государством снова управляют императоры. Внутри системы образовалась группа противников монархического устроя. Они всеми способами пытаются противодействовать системе и свергнуть нынешнее правительство. Но своими силами им не удастся воспрепятствовать императорам забрать управление страной, и тогда они решают обратиться за помощью к клану наёмников. Но, в конечном итоге, между заговорщиками и наёмниками завязывается жестокое противостояние. Неожиданно Юки, одна из клана наёмников, завязывает дружбу с одним из мятежников, что в итоге приводит к неожиданным последствиям.