В конце августа 1979 года Сиберг пропала, и полиция объявила о её розыске. Незадолго до исчезновения она пыталась покончить с собой, бросившись под поезд метро. Спустя одиннадцать дней её завёрнутое в одеяло тело обнаружили на заднем сиденье белого «Рено», стоявшего на окраине Парижа на улице генерала Аппера. В крови актрисы обнаружили высокое содержание снотворного и алкоголя, а так как в руке у неё была зажата предсмертная записка со словами «прости, я больше не могу жить со своими нервами», был сделан вывод, что Джин Сиберг покончила жизнь самоубийством.

Актриса поддерживала Национальную ассоциацию развития цветного населения, выступала за права индейцев и оказывала финансовую помощь активистам «Чёрных пантер» — партии, которая боролась за права афроамериканцев в США. В результате ФБР, которым в то время управлял Эдгар Гувер, пыталось её опозорить, распространив в прессе слух на тему того, что Сиберг, беременная вторым ребенком, зачала не от Гари, а от чернокожего лидера партии. Из-за нервного потрясения, вызванного этими слухами, в конце августа 1970 года у актрисы начались преждевременные роды, и она произвела на свет мертворожденную девочку.