Эта часть получилась наиболее кровавой и содержит самую откровенную эротическую сцену во всей Мегазоне. Дизайн стал более серьёзным и реалистичным, качество анимации выросло. Сюжет развивается более плавно и интересно. Чувство угрозы, которое возникло по ходу первой части, выливается уже в по-настоящему масштабные события, которые приводят к интересной развязке.

Хрестоматийный школьник-сирота Такуми Цудзуки вместе со сводной старшей сестрой Отомэ живут одни и кое-как управляются с кондитерской «Бродячая кошка». Как и положено, кошек в доме полно, да толку с них мало, а работяге Такуми помогает подруга детства Фумино Сэридзава, очень активная и упрямая особа. Ребята вместе посещают академию Умэномори, где, кроме собственной компании, постоянно пересекаются с местной «принцессой» Тисэ, внучкой директора школы, которая имеет виды на бедного парня, а Фумино считает подругой-соперницей.

Старшеклассник Юта Иридацу испытывает необычный опыт – «астральную проекцию», в том смысле, что его дух отделяется от тела. Он приходит в себя в особняке под названием Кораикан и знакомится с призрачной кошкой Чираноске, которая рассказывает герою, что, чтобы вернуться в тело, ему необходимо отыскать «Священную книгу Кораикана». Обыскивая помещения, Юта натыкается на нижнее бельё проживающих в особняке девушек, и это каким-то образом создаёт огромные неприятности для всей планеты Земля.

С тех пор как умерли родители Хиро, он и его сестра жили отдельно. Но как только сестра получила новую работу смотрителя жуткого старого особняка, она послала Хиро письмо с просьбой приехать и жить вместе с ней. Приехав и никого не встретив в особняке, Хиро отправляется в город, чтобы найти свою сестру. Вместо этого он сталкивается с новой хозяйкой особняка и спасает ее. К сожалению, сей героический поступок плохо отразился на его здоровье, и Хиро умирает. Однако, к счастью или, может, к несчастью, хозяйка особняка оказывается Принцессой Чудовищ и дарует Хиро вторую жизнь, но только при условии, что он станет ее слугой.

В мире, где люди и роботы живут вместе, есть купольный город с названием "Ромудо". Находящийся под абсолютным контролем, этот рай в которым нет необходимости в такой вещи как "чувства". Но этот утопический пейзаж вскоре будет нарушен серией таинственных убийств. Рил (Лил) Мэйер, женщине-следователю из Управления Гражданской Информации, поручено расследовать причины этих убийств. Проникая глубже в суть дела, она вскоре увязает в тайне "Пробуждения", которое изменит её жизнь, и жизни всех, кто живёт в Ромудо...навсегда.

В не столь далёком будущем человечество сталкивается с новой угрозой по имени «Шум», на которую никто не может найти управу - даже всемогущая (нет, будущее всё-таки далёкое) ООН. Однако японская Организация Казанари разработала некую «Систему Симфодрайв», которая доказала свою эффективность в борьбе с «Шумом». На вооружение эту систему берёт взрывающая чарты поп-группа «Цвай Винг», состоящая из двух девушек - Тсубасы Казанари и Канадэ Амо. Вместе с двумя выпускницами Lydian Music Academy - Хибики Тачибаной и Мику Кохинатой - они сражаются за будущее человечества.

Итак, дело происходит в 2027 году, год спустя после завершения «четвёртой неядерной войны». Нью Порт Сити всё ещё не оправился окончательно от последствий боевых действий, но город уже вновь начинают сотрясать взрывы самоходных бомб. Примерно в то же время оказывается застрелен военный офицер, вовлеченный в незаконную торговлю оружием. В ходе расследования всего этого Дайске Арамаки из Отдела общественной безопасности встречает киборга и хакера экстра-класса Мотоко Кусанаги, приписанную к военному 501-ому секретному подразделению. Бато, сотрудник Арамаки и человек с «глазами, которые никогда не спят», подозревает, что именно Кусанаги ответственна за теракты. Тем временем Тогуса, детектив из префектуры Ниихама, одновременно расследует два убийства: в первом случае жертву застрелили, во втором жертва была проституткой. За самой же Мотоко пристально наблюдают глава 501-ого подразделения Куруцу и агенты-киборги.

Мисато Курихара была простой школьницей, чуть более способной, чем остальные, из-за чего она ни с кем не могла подружиться. Однажды она вытолкнула маленькую девочку из-под колёс грузовика, но погибла сама. В награду ей предложили переродиться в другом мире, и она попросила только о том, чтобы её способности сделали средними. Теперь-то она не упустит самое обыкновенное счастье! Но Мисато не подумала, что в новом мире есть существа куда сильнее людей.

«Майор» Мотоко Кусанаги, Бато и другие сотрудники секретного Девятого отдела разрешают международный кризис с заложниками, ведут охоту на самовольно покинувший полигон шагающий танк и расследуют серию самоубийств андроидов устаревшей модели. Когда погибает старый друг Тогусы, оперативники выходят на след загадочного хакера по кличке «Смеющийся человек»

Действие происходит на американской военной авиабазе Ёкота в послевоенной Японии, за несколько месяцев до начала вьетнамской войны. Главная героиня — девушка по имени Сайя, которая работает на некое секретное агентство правительства Соединённых Штатов, уничтожая демонов-вампиров с помощью катаны. Агенту Дэвиду становится известно о троих демонах, осевших в районе авиабазы Ёкота, и он внедряет Сайю в школу для детей работников базы под видом новой ученицы с заданием найти и уничтожить демонов.