2061 год. Космические путешествия стали возможны и доступны. Поэтому группа учеников из средней школы отправляется на отдых в космический лагерь. Но почти сразу после прибытия на нужную планету, неизвестная сфера похищает и уносит девятерых учеников группы 5Б на расстояние 5012 световых лет от родной планеты. Там они попадают на космический корабль "Астра". Теперь, с ограниченными запасами еды и воды, школьники хотят попытаться вернуться домой.

В центре сюжета — приключения находчивого Кермита, веселого Фоззи, прелестной Мисс Пигги, непоседливого Животного, бесстрашного Гонзо и их новой подружки — пингвина Саммер. Неразлучная компания малышей все свободное время проводит во дворе или в игровой комнате, но это не мешает друзьям каждый день совершать невероятные путешествия, используя силу собственного воображения. В каждом эпизоде нового проекта юные Маппеты не только веселятся, поют и играют, но и учатся творчески подходить к решению разнообразных задач и справляться с собственными страхами.

2040 год, планета Эдем. Пилот-сорвиголова Исаму Дайсон переводится на испытания нового истребителя и сталкивается со старым соперником Галдом Боуманом - тот пилотирует в конкурирующем проекте. Появление их бывшей девушки Мюн распаляет давний конфликт. Тем временем на планете стартует долгожданный концерт виртуальной суперзвезды Шэрон Эппл.

Эта часть получилась наиболее кровавой и содержит самую откровенную эротическую сцену во всей Мегазоне. Дизайн стал более серьёзным и реалистичным, качество анимации выросло. Сюжет развивается более плавно и интересно. Чувство угрозы, которое возникло по ходу первой части, выливается уже в по-настоящему масштабные события, которые приводят к интересной развязке.

Хрестоматийный школьник-сирота Такуми Цудзуки вместе со сводной старшей сестрой Отомэ живут одни и кое-как управляются с кондитерской «Бродячая кошка». Как и положено, кошек в доме полно, да толку с них мало, а работяге Такуми помогает подруга детства Фумино Сэридзава, очень активная и упрямая особа. Ребята вместе посещают академию Умэномори, где, кроме собственной компании, постоянно пересекаются с местной «принцессой» Тисэ, внучкой директора школы, которая имеет виды на бедного парня, а Фумино считает подругой-соперницей.

Старшеклассник Юта Иридацу испытывает необычный опыт – «астральную проекцию», в том смысле, что его дух отделяется от тела. Он приходит в себя в особняке под названием Кораикан и знакомится с призрачной кошкой Чираноске, которая рассказывает герою, что, чтобы вернуться в тело, ему необходимо отыскать «Священную книгу Кораикана». Обыскивая помещения, Юта натыкается на нижнее бельё проживающих в особняке девушек, и это каким-то образом создаёт огромные неприятности для всей планеты Земля.

С тех пор как умерли родители Хиро, он и его сестра жили отдельно. Но как только сестра получила новую работу смотрителя жуткого старого особняка, она послала Хиро письмо с просьбой приехать и жить вместе с ней. Приехав и никого не встретив в особняке, Хиро отправляется в город, чтобы найти свою сестру. Вместо этого он сталкивается с новой хозяйкой особняка и спасает ее. К сожалению, сей героический поступок плохо отразился на его здоровье, и Хиро умирает. Однако, к счастью или, может, к несчастью, хозяйка особняка оказывается Принцессой Чудовищ и дарует Хиро вторую жизнь, но только при условии, что он станет ее слугой.

В мире, где люди и роботы живут вместе, есть купольный город с названием "Ромудо". Находящийся под абсолютным контролем, этот рай в которым нет необходимости в такой вещи как "чувства". Но этот утопический пейзаж вскоре будет нарушен серией таинственных убийств. Рил (Лил) Мэйер, женщине-следователю из Управления Гражданской Информации, поручено расследовать причины этих убийств. Проникая глубже в суть дела, она вскоре увязает в тайне "Пробуждения", которое изменит её жизнь, и жизни всех, кто живёт в Ромудо...навсегда.

В не столь далёком будущем человечество сталкивается с новой угрозой по имени «Шум», на которую никто не может найти управу - даже всемогущая (нет, будущее всё-таки далёкое) ООН. Однако японская Организация Казанари разработала некую «Систему Симфодрайв», которая доказала свою эффективность в борьбе с «Шумом». На вооружение эту систему берёт взрывающая чарты поп-группа «Цвай Винг», состоящая из двух девушек - Тсубасы Казанари и Канадэ Амо. Вместе с двумя выпускницами Lydian Music Academy - Хибики Тачибаной и Мику Кохинатой - они сражаются за будущее человечества.