Недалёкое будущее. В мире установлены технократические правила, которые все должны соблюдать. Роботы и киборги получили высокие права на соседство с человечеством, а местами – превосходство. В жестоком мире появилось место заговорам и кланам. Многие стали сбиваться в стаи, чтобы угнетать слабых и разрушать общие стереотипы, и заодно захватывать определённые сферы влияния. Однажды один опытный доктор находит на свалке странный механизм. Впоследствии учёный понял, что нашёл настоящего дроида. Несколько часов спустя учёному удаётся оживить дроид, коим оказывается девушка по имени Алита. Девушка отчаянно пытается вспомнить о своём прошлом, но все попытки тщетны. В ту же секунду в дом доктора заявляются бандиты и Алита без особого труда уничтожает их. В тот же момент становится понятно, что Алита в прошлом была воином. Именно ей предстоит возглавить сопротивление и изменить происходящее.

На Земле произошёл апокалипсис. Катастрофа уничтожила всё, что было так дорого людям. Сэм одна из немногих выживших после катастрофы. Она молодой учёный. После апокалипсиса девушка стала посвящать себя поиску способам, как выжившим людям адаптироваться к новым условиям жизни. И пока Сэм активно работает над новыми концепциями жизни, остатки человечества готовятся к отправлению на дальнюю планету-колонию. Внезапно в жизни девушки появляется парень по имени Мик. Он хочет улететь с Земли, чтобы начать новую жизнь в колонии. Между молодыми людьми завязываются тёплые отношения. В какой-то момент перед Сэм встаёт непростой выбор. Она может покинуть Землю вместе с Миком и зажить другой жизнью, или же остаться и попытаться возродить планету.

20 лет прошло со времён событий предыдущей части. Остаткам человечества приходится поселиться на ту базу, которая была основана в далёком 45-м году сбежавшими нацистами. Земля больше не способна содержать людей. Разрушительная ядерная война уничтожила всё. Однако посреди пустыни скрывается один секрет, который хранит в себе тайны происхождения человечества. Эта информация способна возродить человеческую расу или навеки похоронить род людской и всякие надежды на возвращение домой. Чтобы раскрыть тайну, на Землю отправляется отряд профессиональных наёмников во главе с отважной Оби.

Ветеран иракской войны испытывает мучения связанные с ПТСР и полученной травмы головы. Но он был счастливчиком, что выжил в той жуткой войне. Вот только возвращаться нему некуда толком. Дома, какой он имел, уже не было. Жена решила забрать сына и уехать, строить новую жизнь. Но Уилл не мыслит своей жизни без супруги и сына. Он хочет отыскать их. Он чувствует себя виноватым перед близкими людьми и нуждается в них. Усевшись на мотоцикл, он отправляется в дальнюю дорогу, только не имея четкого представления о том, куда ехать. Но он готов к приключениям. После пережитого такие опасности его нисколько не пугают.

Три астронома ведут наблюдения за звездным небом и тщательно фиксируют все увиденное и услышанное. Однажды каким-то случайным образом им удается зафиксировать некий сигнал. Перехватив его, они начинают искать источник и решают, что сигнал отправили представители некой отдаленной инопланетной цивилизации. Но никто из них не мог и представить, какой окажется истинная причина отправки этого сигнала. Казалось бы, достаточно трудно вообразить существование другой населенной планеты, но правда окажется еще более неожиданной и шокирующей. Кто же отправил этот сигнал? Остается только догадываться и удивляться.

Врачи без границ, Анна и Мануэль, объединяются с группой охотников за сокровищами и отправляются в мистический город, скрытый в мексиканских джунглях, чтобы найти лекарство от неизвестной смертельной болезни и немного разбогатеть.