15 июля 2043 года в продажу поступила игра с полным погружением — «Infinite Dendrogram». Уникальная система «Embryo» позволяла её игрокам следовать по всевозможному, нет, по бесконечному количеству паттернов развития. До сих пор осуществление подобного считалось технически невозможным у VRMMO, поэтому появление «Infinite Dendrogram» стало событием мирового значения.

В постапокалиптическом мире будущего главными оказываются «числа», отпечатанные на теле каждого человека. Это «число» уникально для человека и означает количество чего-то в твоей жизни. Это может быть пройденное тобою расстояние или количество комплиментов, которые тебе скажут, или что угодно. «Число» может изменяться, стать больше или меньше, и человек может повлиять на это. Однако если «число» достигнет нуля, то человека затянет пучина. Как раз это произошло с матерью главной героини. Будучи наполовину затянутой в пучину, мать поручила Хине отыскать некого Красного Барона — легендарного героя прошлого. В своих поисках Хина, прежде живущая с матерью в горах, узнаёт больше о природе и законах «чисел», и встречает много новых хороших, плохих, а иногда просто странных людей, как например, Лихта Баха.

Добро пожаловать в поразительный виртуальный мир! Детективу Сакайдо предстоит расследовать жестокое убийство девочки, о которой известно только имя — Каэру. Это дело отличается от всех, какими он занимался прежде… Ведь сам мир начинает вертеться вокруг него, подвергая сомнению всё, что думает и во что верит Сакайдо!

Однажды семнадцатилетнему парню по имени Канамэ Судо приходит SMS от лучшего друга с просьбой о помощи в одной мобильной игре, и недолго думая Канамэ кликает по предложенной ссылке. После чего устанавливает приложение «Игра Дарвина» и начинает играть. Однако вскоре выясняется, что выйти из игры нельзя, пока не устранишь всех своих соперников. Казалось бы, ничего необычного, но «Игра Дарвина» устроена так, чтобы сражаться против людей в реальном мире, откинув мораль и, собственно, человечность. Каждый игрок наделяется особой способностью, именуемой «сигилом». Сражаясь, люди зарабатывают игровые очки, которые позже можно с лёгкостью обменять на реальные деньги. Так начинается «весёлая» жизнь Канамэ, и теперь ему приходится выживать в игровом мире и искать способ покинуть игру.