В соответствии с доктринами «Теории судного дня от причуд» идеологическая группа Хьюмарайз убеждена, что все люди с причудами больны и должны быть уничтожены. Чтобы перестроить мир, экстремисты группы создали смертоносное устройство, известное как «Взрывная бомба», которое заставляет людей с причудами терять над собой контроль и умирать. Лидер преступной организации, Флект Тёрн, вынужден постоянно прятаться от захвата профессиональными героями, расположенными по всему миру. В то же время, в Японии Изуку Мидория обвиняется в преступлении, которого он не совершал. Непреднамеренно вовлекая Роди Соула, местного жителя в эту историю, Мидория вскоре оказывается в бегах вместе с мальчиком. Теперь дело за Роди, Мидорией и его одноклассниками, чтобы остановить заговор зловещей организации.

Япония собирается отпраздновать крупнейший всемирный спортивный фестиваль в Токио. В то же время проходит приуроченная к открытию фестиваля церемония запуска первого в мире скоростного вакуумного поезда, объединяющего все последние японские технологии и развивающего скорость в 1000 км/ч, который должен проехать от станции Син-Нагоя до станции Сибахама в Токио. Зрители со всего мира следят за этими событиями, а в Токио собирается огромное количество иностранцев, однако на вечеринке для известных спонсоров происходит невероятное: один за другим исчезают ключевые менеджеры крупных кампаний. Конан приходит к выводу, что инцидент связан с похищениями пятнадцатилетней давности на церемонии открытия всемирного спортивный фестиваля в Бостоне...